E kiemelkedően hatékony aerodinamikai tulajdonságokat számos olyan részletmegoldással alakították ki a tervezők, mint például az aktív lamellázattal működő, intelligens hűtőzsaluzat, nagyban hozzájárulva az üzemanyag-fogyasztás és a károsanyag-kibocsátás mérsékléséhez. A FABIA aerodinamikájának kifejlesztésekor a ŠKODA több mint háromezer úgynevezett numerikus áramlástani szimulációt (Computational Fluid Dynamics; CFD) végzett, amelyek eredményeit gyakorlati tesztek során ellenőrizték, illetve finomították tovább. Az új ŠKODA FABIA aerodinamikai fejlesztésének eredménye a 0,28-os légellenállási együttható, amellyel a negyedik generáció egyfelől jelentősen felülmúlja közvetlen elődjét (cw = 0,32), másfelől mércéül szolgálhat a kisautók szegmensében. Az új FABIA kiváló légellenállási tulajdonságai nagyban hozzájárulnak üzemanyag-fogyasztása és károsanyag-kibocsátása csökkentéséhez. Az aerodinamikai fejlesztés során több részleg szakemberei - például formatervezők, aeroakusztikai szakértők, illetve az autó karosszériáját, alját és motorjait tervező mérnökök - dolgoztak együtt. A ŠKODA számítógépes szimulációkkal és gyakorlati próbákkal kombinálta a virtuális teszteket, a tesztvezetések fő célját a szimulációk eredményeinek ellenőrzése és megerősítése jelentette.